ЕС: об оценке методов выявления норовируса в моллюсках
30.08.2022
Работы проводились консорциумом европейских научно-исследовательских учреждений: Institut Français de Recherche pour l’Exploitation de la Mer (Ifremer), Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science (Cefas), Technical University of Denmark (DTU), Erasmus University Medical Center focused.
Исследования проводились с использованием методов «секвенирования следующего поколения» (next-generation sequencing - NGS).
Используя лабораторно подготовленные образцы известного состава норовируса, ученые оценили чувствительность, воспроизводимость, повторяемость и селективность метабаркодирования, метагеномики на основе захвата и секвенирования длинных ампликонов.
Данные методы позволили секвенировать норовирус в большинстве протестированных образцов, однако производительность в извлечении ожидаемого разнообразия различалась. Эксперты также сравнили преимущества и недостатки каждого метода, стоимость одного образца и затраты на оборудование, время получения результатов, а также возможность использования методов при осуществлении эпиднадзора или секвенирования вспышек.
Согласно полученным результатам, наиболее «чувствительным» методом было метабаркодирование (мetabarcoding) с раздельной амплификацией сегментов гена полимеразы и капсида с последующим секвенированием по технологии Illumina.
Другие методы, такие как метагеномика, показывают «многообещающие результаты», но требуют дальнейших улучшений в отношении чувствительности. Метагеномное секвенирование достаточно чувствительно, чтобы исследовать образцы вспышек болезни человека, но не образцы моллюсков.
По оценке ученых, несмотря на некоторые ограничения, исследованные методы могут заменить уже существующие.
Источник: https://www.foodsafetynews.com/2022/08/experts-review-ngs-methods-for-norovirus-in-shellfish/#more-218326
ЕС: об оценке методов выявления норовируса в моллюсках
Европейский орган по безопасности пищевых продуктов (European Food Safety Authority - EFSA) опубликовал результаты исследований по оценке методов выявления норовируса в двустворчатых моллюсках (Bivalve molluscan shellfish -BMS).Работы проводились консорциумом европейских научно-исследовательских учреждений: Institut Français de Recherche pour l’Exploitation de la Mer (Ifremer), Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science (Cefas), Technical University of Denmark (DTU), Erasmus University Medical Center focused.
Исследования проводились с использованием методов «секвенирования следующего поколения» (next-generation sequencing - NGS).
Используя лабораторно подготовленные образцы известного состава норовируса, ученые оценили чувствительность, воспроизводимость, повторяемость и селективность метабаркодирования, метагеномики на основе захвата и секвенирования длинных ампликонов.
Данные методы позволили секвенировать норовирус в большинстве протестированных образцов, однако производительность в извлечении ожидаемого разнообразия различалась. Эксперты также сравнили преимущества и недостатки каждого метода, стоимость одного образца и затраты на оборудование, время получения результатов, а также возможность использования методов при осуществлении эпиднадзора или секвенирования вспышек.
Согласно полученным результатам, наиболее «чувствительным» методом было метабаркодирование (мetabarcoding) с раздельной амплификацией сегментов гена полимеразы и капсида с последующим секвенированием по технологии Illumina.
Другие методы, такие как метагеномика, показывают «многообещающие результаты», но требуют дальнейших улучшений в отношении чувствительности. Метагеномное секвенирование достаточно чувствительно, чтобы исследовать образцы вспышек болезни человека, но не образцы моллюсков.
По оценке ученых, несмотря на некоторые ограничения, исследованные методы могут заменить уже существующие.
Источник: https://www.foodsafetynews.com/2022/08/experts-review-ngs-methods-for-norovirus-in-shellfish/#more-218326